The abbey of San Pietro was built around the year 996 over the previous cathedral church, as the first bishopric of Perugia. Its origin is probably older, dating back to the 4th century. It rises up on a sacred Etruscan-Roman area, even though the first documents mentioning the church are from 1002. The founder was the abbot Pietro Vincioli, a nobleman from Perugia, later canonised.

In the following centuries the abbey increased its power greatly, until in 1398 it was taken and set on fire by the citizens of Perugia, who blamed the abbot Francesco Guidalotti for having taken part in the conspiracy against the leader of the popular party of Perugia of the Raspanti Biordo Michelotti. The monastery had a new period of expansion under Pope Eugenio IV, who joined it to the Congregation of St. Justine of Padua (later known as Cassinese), thus maintaining a position of prestige and power in the city.

Il complesso benedettino di San Pietro, fondato nel 966 dall’abbate Pietro, sorge dove già nel VI sec. era l’antica Cattedrale, in un'area sacra etrusco-romana. Del X sec. è rimasto l’impianto basilicale a tre navate.

La facciata, conserva affreschi del Trecento, tra cui una rara trinità trifronte. L’interno presenta colonne con capitelli ionici, soffitto a lacunari dorato e numerosi dipinti e sculture realizzate tra il XV e il XIX secolo, fra le quali opere del Perugino e del Vasari, oltre che le tele con Scene dalla Vita di Gesù, dell'Antico e Nuovo Testamento e il Trionfo dell’Ordine benedettino, dipinte da Antonio Vassilacchis, detto l'Aliense (1592-94).

Nel coro e nelle navate laterali sono affreschi tardomanieristici, mentre il coro ligneo è di scuola lombarda. Al di sotto dell’abside si trova la cripta altomedievale, a pianta circolare, con ambulacro e pareti dipinte con singolari motivi geometrici. La sacrestia custodisce cinque comparti di predella della grande pala d’altare dell’Ascensione di Cristo del Perugino. Il campanile sorge sulla base del preesistente mausoleo romano e il suo assetto attuale, si deve alla ricostruzione del XV sec. su disegno di Bernardo Rossellino.